O exame per-operatório, mais conhecido como congelação, tem como objetivo apoiar a decisão da conduta cirúrgica. Esse procedimento consiste na realização de cortes histológicos do material a fresco. Para que sejam feitos estes cortes é necessário congelar o tecido e fazer os cortes utilizando-se um equipamento chamado micrótomo ou criostato. Posteriormente, a lâmina é corada com Tionina ou Hematoxilina & Eosina. Durante o congelamento existe uma cristalização da água intra-citoplasmática que leva a uma deformidade da célula. Estas alterações devem ser levadas em consideração na interpretação e diagnóstico. Algumas vezes não é possível ter um diagnóstico neste momento e faz-se necessário aguardar os cortes histológicos definitivos para o diagnóstico conclusivo.